Najvyšším orgánom SFOZP je snem, ktorý sa koná raz za 4 roky.
Snem volí predsedu, dvoch podpredsedov a 4 členov výkonného výboru.
Najvyšším orgánom SFOZP medzi snemami je predsedníctvo SFOZP. Predsedníctvo tvoria predseda a podpredsedovia SFOZP a jeden zástupca každej členskej organizácie.
Výkonným orgánom medzi zasadnutiami predsedníctva SFOZP je výkonný výbor SFOZP, ktorý tvoria predseda a podpredsedovia SFOZP a 4 členovia volení snemom SFOZP.
Predsedníctvo SFOZP vymenúva a odvoláva riaditeľa SFOZP. Ak ekonomická situácia organizácie nedovoľuje vytvoriť samostatné pracovné miesto riaditeľa, predsedníctvo SFOZP výkonom kompetencií riaditeľa SFOZP poverí predsedu alebo jedného z podpredsedov SFOZP. Od roku 2014 je výkonom kompetencií riaditeľa poverený predseda SFOZP. Kontrolnú činnosť vykonáva kontrolná komisia SFOZP volená snemom.
Zloženie orgánov SFOZP po konaní snemu SFOZP 22. 6. 2023
Predseda a štatutárny zástupca: Branislav Mamojka
Podpredseda a štatutárny zástupca: Tibor Köböl
Podpredsedníčka: Iveta Mišová
Členovia výkonného výboru volení snemom:
- Jana Filipová
- Iveta Franzenová
- Milan Měchura
- Ľubica Vyberalová
Členovia predsedníctva SFOZP zastupujúci jednotlivé členské organizácie:
- Ľubica Bergmannová (SPAA SR)
- Jozef Borovka (ZDS)
- Zoja Camberová (ZPCCH v SR)
- Jana Dobšovičová – Černáková (LPR SR)
- Peter Fašung (ZRaPHSD)
- Jana Filipová (ANEPS)
- Monika Fričová (Platforma rodín)
- Jaroslav Janovec (SHZ)
- Laura Kundrátová (ODOS)
- Alžbeta Lukovičová (AMS)
- Andrea Madunová (OMD v SR)
- Marek Machata (AOZPO SR)
- Milan Měchura (ÚNSS)
- Štefi Nováková (ZPMP v SR)
- Barbora Strašíková (SZSM)
- Jaroslav Šidlo (SZZP)
- Ivan Štubňa (SPOSA)
- Monika Vráblová (SZTP)
Členovia kontrolnej komisie:
- Jarmila Fajnorová
- Dušan Fabián